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Forschungszulage für Start-ups, Software-Teams und Einzelunternehmer: 13 Sonderfälle

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Forschungszulage für Start-ups, Software-Teams und Einzelunternehmer: 13 Sonderfälle

Gründer ohne Gehalt, Entwickler auf Rechnung, Cloud-Kosten, Konzernverbund, gescheiterte Projekte: Hier beantworten wir die Fragen, die im Gesetz nur zwischen den Zeilen stehen und in unseren Anträgen regelmäßig den Unterschied machen. Jede Antwort nennt den Paragrafen, auf dem sie beruht.

Zuletzt aktualisiert: 8. Oktober 2026Lesezeit: 14 MinutenRechtsstand: FZulG in der Fassung ab 1. Januar 2026, AGVO
AGründer, Gesellschafter, Eigenleistung

Wie viel Eigenleistung kann ein Einzelunternehmer ansetzen, auch neben einer Anstellung?

Einzelunternehmer setzen für jede nachgewiesene Stunde eigener F&E-Arbeit 100 Euro an, höchstens 40 Stunden pro Woche; vor 2026 waren es 70 Euro. Eine Anstellung daneben schließt das nicht aus, solange die Stunden tatsächlich geleistet und belegt sind.

Dasselbe gilt für Gesellschafter einer Personengesellschaft, wenn sie eine vertraglich vereinbarte Tätigkeitsvergütung für F&E erhalten, die klar von anderen Vergütungen abgegrenzt ist. Das Finanzamt prüft die Plausibilität: Wer 40 Wochenstunden Eigenleistung neben einer Vollzeitstelle geltend macht, braucht Belege, die das tragen. Die Zulage auf Eigenleistungen ist beihilferechtlich eine De-minimis-Beihilfe; wer andere De-minimis-Förderungen nutzt, behält die Obergrenze im Blick. Rechenbeispiel: 1.000 Stunden im Jahr ergeben 100.000 Euro Bemessungsgrundlage, mit Gemeinkostenpauschale 120.000 Euro, davon 35 % sind 42.000 Euro Zulage für ein KMU.

Quelle: § 3 Abs. 3 FZulG; § 9 FZulG (De-minimis). Rechner: Forschungszulage-Rechner.

Was gilt für Geschäftsführer einer GmbH ohne Gehalt oder mit Privatentnahmen?

Bei Kapitalgesellschaften ist nur lohnsteuerpflichtiger Arbeitslohn förderfähig; wer sich als Gesellschafter-Geschäftsführer kein Gehalt zahlt, hat keine Bemessungsgrundlage. Das Gesetz erkennt den Anstellungsvertrag zwischen Gesellschaft und Gesellschafter ausdrücklich an, sofern der Lohnsteuerabzug erfolgt.

Die Stundenpauschale von 100 Euro gibt es nur für Einzelunternehmer und Mitunternehmer, nicht für GmbH- oder UG-Geschäftsführer. In der Gründungsphase lohnt deshalb ein Blick auf die Reihenfolge: Wer vor der GmbH als Einzelunternehmen entwickelt, kann diese Zeit über die Eigenleistung geltend machen; die spätere GmbH fördert nur, was sie als Gehalt verbucht. Ein marktübliches Geschäftsführergehalt mit sauberem Lohnsteuerabzug ist die Voraussetzung, nicht der Höchstbetrag.

Quelle: § 3 Abs. 1 Satz 1 und 3, § 3 Abs. 3 FZulG.

Wie viel der Arbeitszeit eines Geschäftsführers erkennt das Finanzamt als F&E an?

Aus unserer Antragspraxis sind 50 bis 60 % der Gesamtarbeitszeit eines Geschäftsführers vertretbar, 60 % sind das Maximum. Entscheidend ist, dass die angesetzten Tätigkeiten im Arbeitspaketplan eindeutig als Forschung und Entwicklung erkennbar sind.

Vertrieb, Finanzen, Personal, Projektsteuerung und Kundenbetreuung sind nicht förderfähig, auch wenn sie das Projekt betreffen. Was zählt, ist die eigene technische Arbeit: Konzeption der Architektur, Lösen der technischen Unsicherheiten, Versuche, Auswertung. Wir legen den Anteil mit dem Geschäftsführer je Arbeitspaket fest und dokumentieren ihn so, dass Bescheinigungsstelle und Finanzamt dieselbe Zuordnung sehen.

So gehen wir vor: Wir begründen den F&E-Anteil des Geschäftsführers nicht pauschal, sondern je Arbeitspaket aus dem tatsächlichen Beitrag zur Entwicklung. So entsteht eine Zuordnung, die Bescheinigungsstelle und Finanzamt nachvollziehen können.

Welche Gehaltsbestandteile zählen zur Bemessungsgrundlage?

Förderfähig ist der Arbeitslohn, der dem Lohnsteuerabzug unterliegt, plus die Arbeitgeberausgaben für die Zukunftssicherung, also die Arbeitgeberanteile zur Sozialversicherung. Steuerfreie Bestandteile wie Jobticket, Kindergartenzuschuss oder steuerfreie Zuschläge gehören nicht dazu.

Boni und Sonderzahlungen zählen, soweit sie lohnsteuerpflichtig sind und anteilig auf die F&E-Zeit entfallen. Beschäftigte, deren Lohn wegen eines Doppelbesteuerungsabkommens in einem anderen EU- oder EWR-Staat oder in der Schweiz versteuert wird, sind ebenfalls förderfähig. Die Bemessungsgrundlage pro Person ergibt sich aus Jahresbrutto und F&E-Anteil, bei Vollzeit-F&E aus dem vollen Betrag.

Quelle: § 3 Abs. 1 und 2 FZulG; § 38 Abs. 1, § 3 Nr. 62 EStG.

Wie genau muss die Zeitaufzeichnung sein, und lässt sie sich nachträglich rekonstruieren?

Das Finanzamt will je Person nachvollziehen, welche Stunden auf F&E-Tätigkeiten im bescheinigten Vorhaben entfallen; eine minutengenaue Protokollierung verlangt niemand, eine Zuordnung zu Arbeitspaketen und das Herausrechnen von Urlaub, Krankheit und Routinearbeit schon. Eine nachträgliche Rekonstruktion ist möglich, wenn sie eine solide Dokumentation des F&E-Zeitaufwands erlaubt.

Unser Maßstab aus der Praxis: Die Stunden müssen zu den Nachweisen passen. Was sich mit Platinenständen, Commits, Bestellungen und Testprotokollen deckt, hält der Prüfung stand; was nur in einer Excel-Liste steht, ohne dass es Spuren im Projekt gibt, nicht. Ticketsysteme, Versionsverwaltung und Kalender sind deshalb gute Quellen für eine Rekonstruktion. Für die Zukunft empfehlen wir eine einfache wöchentliche Erfassung je Arbeitspaket, die das Team in fünf Minuten pflegt.

Quelle: § 5 Abs. 2 FZulG (Nachweispflicht im Antrag); eigene Praxis.

BExterne, Sachkosten, Struktur

Agentur, Freelancer oder Festanstellung: Was ist förderfähig?

Angestellte Entwickler sind mit ihrem Arbeitslohn förderfähig; Aufträge an Agenturen und Freelancer als Auftragsforschung mit 70 % des Entgelts, sofern der Auftragnehmer seine Geschäftsleitung in der EU oder im EWR hat. Der Anspruch liegt beim Auftraggeber, nicht beim Dienstleister.

Zwei Einschränkungen stehen im Gesetz: Gibt der Auftragnehmer Teile des Auftrags an Unterauftragnehmer weiter, ist das Entgelt für den Unterauftrag kein förderfähiger Aufwand. Und ein Auftragnehmer kann für denselben Auftrag nicht selbst Forschungszulage beantragen. Beauftragt eine Holding ihre Tochter, gilt dasselbe Muster: Anspruch beim Auftraggeber, 70 % des Entgelts. Rechnerisch bleibt die Festanstellung die stärkere Variante: 100 % des Lohns gegenüber 70 % der Rechnung, jeweils mal 25 oder 35 %. Mischformen sind üblich und erlaubt, wenn jede Position eindeutig einem Vorhaben zugeordnet ist.

Quelle: § 2 Abs. 5, § 3 Abs. 4 FZulG.

Sind Cloud-Kosten, Lizenzen, Server und Testgeräte förderfähig?

Laufende Sachkosten wie Cloud, Lizenzen oder Serverbetrieb sind nicht direkt förderfähig; für Vorhaben, die ab 2026 beginnen, deckt die Gemeinkostenpauschale von 20 % auf die übrigen förderfähigen Aufwendungen sie pauschal mit ab. Testgeräte und andere bewegliche Wirtschaftsgüter des Anlagevermögens zählen seit dem 28. März 2024 mit ihrer Wertminderung, wenn sie ausschließlich im Vorhaben eingesetzt werden.

Die Wertminderung ist die Abschreibung des Wirtschaftsjahres nach den Grundsätzen ordnungsmäßiger Buchführung; wird das Gerät nur Teile des Jahres im Vorhaben genutzt, kürzt sich der Betrag um ein Zwölftel je vollem Monat. Geringwertige Wirtschaftsgüter mit Sofortabschreibung sind ausgenommen. Für Hardware-Entwicklungen, IoT-Projekte und Prüfstände ist das ein spürbarer Posten, der vor 2024 fehlte.

Quelle: § 3 Abs. 3a und 3b FZulG.

Wir gehören zu einem Unternehmensverbund. Was ändert sich?

Verbundene Unternehmen teilen sich den Höchstbetrag der Bemessungsgrundlage von 12 Mio. Euro pro Jahr; jedes verbundene Unternehmen gibt die Aufteilung in seinem Antrag an. Außerdem entscheidet der Verbund darüber, ob die KMU-Erhöhung auf 35 % greift, weil die KMU-Definition Beschäftigte, Umsatz und Bilanz verbundener Unternehmen zusammenrechnet.

Ein Mehrheitsgesellschafter mit 95 % macht aus einer kleinen GmbH beihilferechtlich oft ein Nicht-KMU, wenn die Muttergesellschaft groß ist; die Zulage gibt es dann mit 25 % statt 35 %. Innerhalb des Verbunds darf jedes Unternehmen eigene Vorhaben beantragen, Aufträge zwischen verbundenen Unternehmen laufen als Auftragsforschung. Wir prüfen den Status vor dem Antrag, weil eine falsche KMU-Erklärung bei der Festsetzung korrigiert wird.

Quelle: § 3 Abs. 6, § 5 Abs. 2, § 4 Abs. 1 FZulG; Anhang I AGVO.

Was bedeutet „Unternehmen in Schwierigkeiten", und gilt das auch für Start-ups?

Unternehmen in Schwierigkeiten im Sinne des EU-Beihilferechts erhalten keine Forschungszulage; bei einer GmbH ist das der Fall, wenn mehr als die Hälfte des gezeichneten Stammkapitals durch aufgelaufene Verluste verloren gegangen ist, außerdem bei Insolvenzverfahren oder laufender Rettungsbeihilfe. Junge KMU sind in den ersten drei Jahren nach Gründung von der Kapitalregel ausgenommen.

Geprüft wird zum Bilanzstichtag des Wirtschaftsjahres, für das die Zulage beantragt wird. Für Start-ups im vierten Jahr mit aufgezehrtem Stammkapital hilft eine Kapitalerhöhung oder ein Zuschuss in die Kapitalrücklage vor dem Stichtag; welche Instrumente beihilferechtlich als Eigenkapital zählen, klärt der Steuerberater. Wir fragen den Status im Erstgespräch ab, damit kein Antrag an dieser Hürde scheitert.

Quelle: § 9 FZulG in Verbindung mit Art. 1 Abs. 4 und Art. 2 Nr. 18 AGVO.

CZeitpunkt, Verlauf, Abgrenzung

Kann ich vor dem Projektstart beantragen, und wann kommt das Geld?

Ja, die Bescheinigung bei der BSFZ kann vor Beginn, während oder nach Abschluss des Vorhabens beantragt werden; eine frühe Bescheinigung gibt Planungssicherheit für kommende Entwicklungskosten. Der Anspruch auf die Zulage entsteht erst mit Ablauf des Wirtschaftsjahres, der Antrag beim Finanzamt folgt danach.

Für ein Vorhaben, das 2026 läuft, kann der Antrag beim Finanzamt frühestens Anfang 2027 gestellt werden; das Finanzamt setzt die Zulage fest und rechnet sie bei der nächsten Festsetzung von Einkommen- oder Körperschaftsteuer an, ein Überhang wird ausgezahlt. Auch in Verlustjahren fließt das Geld. Bestandskräftige Steuerbescheide früherer Jahre stehen einem Antrag nicht entgegen, solange die Festsetzungsfrist läuft. Ablauf im Detail: Antragstellung in der Praxis.

Quelle: § 4 Abs. 2, § 5 Abs. 1, § 10 FZulG; BSFZ-Antragsverfahren.

Was passiert, wenn das Projekt scheitert, pausiert oder anders läuft als geplant?

Die Forschungszulage fördert den Aufwand, nicht den Erfolg: Ein gescheitertes oder abgebrochenes Vorhaben bleibt bis zum Abbruch förderfähig, eine Pause ebenso. Verändert sich das Vorhaben wesentlich gegenüber der Bescheinigung, braucht es eine neue oder geänderte Bescheinigung, denn im Antrag beim Finanzamt versichern Sie, dass die bescheinigten Sachverhalte unverändert sind.

Technische Unsicherheit heißt gerade, dass der Weg zum Ziel offen ist; ein anderer Lösungsweg als geplant ist kein Problem, solange Ziel und Arbeitspakete im Kern bestehen bleiben. Bei nachträglichen Anträgen beschreiben wir das Vorhaben so, wie es tatsächlich gelaufen ist, mit den realen Unwägbarkeiten. Die Kosten müssen beim Finanzamt exakt so angegeben werden, wie sie entstanden sind. Alle Unterlagen für eine spätere Betriebsprüfung aufbewahren.

Quelle: § 2 Abs. 1 und 3, § 5 Abs. 3 FZulG.

Ist die Weiterentwicklung nach dem Launch oder auf Basis einer Standardsoftware förderfähig?

Sobald ein Produkt im Wesentlichen festgelegt ist und es um Marktentwicklung oder den reibungslosen Betrieb geht, endet die Förderfähigkeit; eine spätere Weiterentwicklung mit neuen technischen Unsicherheiten ist ein neues Vorhaben und wird erneut bescheinigt. Erweiterungen einer Standard- oder White-Label-Software sind förderfähig, wenn die eigenen Module technisch neu sind; die Lizenz- oder Mietkosten der Basis sind es nicht.

Für SaaS-Teams heißt das: Jedes Modul, das technisch für sich steht und eine eigene Unsicherheit löst, kann ein eigenes Vorhaben sein; kleine, verwandte Module bündeln wir zu einem Vorhaben, damit sich der Antrag lohnt. Reine Oberflächenarbeit ist nicht förderfähig, UX-Entwicklung nur dann, wenn ein erforschender oder algorithmischer Anteil dahintersteht. Bugfixing, Anpassungen nach Anleitung und die Umsetzung bekannter Lösungen bleiben außen vor.

Quelle: § 2 Abs. 1 bis 3 FZulG. Vertiefung: Software-Entwicklung mit KI.

Muss mein Projekt gesellschaftlich wichtig sein?

Nein. Die Forschungszulage ist ein Rechtsanspruch ohne Jury und ohne Themenvorgabe; bewertet wird allein, ob Grundlagenforschung, industrielle Forschung oder experimentelle Entwicklung mit Neuheit, technischer Unsicherheit und planmäßigem Vorgehen vorliegt.

Ob das Ergebnis ein Spiel, ein Nischenwerkzeug oder eine Medizintechnik ist, spielt keine Rolle. Deshalb unterschätzen sich viele Teams: „Wir entwickeln doch nur unser Produkt weiter" ist oft genau die experimentelle Entwicklung, die das Gesetz meint, wenn der Standardweg nicht reicht und der Ausgang zu Beginn offen war. Zwei Minuten Selbsttest: Forschungszulage-Check.

Quelle: § 2 Abs. 1 FZulG; Frascati-Kriterien der BSFZ.

Welcher Sonderfall ist Ihrer?

Schreiben Sie uns in drei Sätzen, was Sie entwickeln, wer daran arbeitet und wie Ihr Unternehmen aufgestellt ist. Wir sagen Ihnen, was förderfähig ist und was nicht.

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Quellen: Forschungszulagengesetz (§§ 2 bis 5, 9, 10) in der Fassung ab 1. Januar 2026, Allgemeine Gruppenfreistellungsverordnung (EU) Nr. 651/2014 (Art. 2 Nr. 18, Anhang I), Antragsverfahren der Bescheinigungsstelle Forschungszulage. Erfahrungswerte: Förder-Kompass, Stand Oktober 2026. Allgemeine Information, keine Rechts- oder Steuerberatung; Angaben ohne Gewähr, zuletzt aktualisiert am 8. Oktober 2026.

Förder-Kompass ist eine Fördermittelberatung mit Schwerpunkt Forschung und Entwicklung mit Sitz in Stockach. Als Navigator durch den deutschen Förderdschungel beraten wir kleine und mittlere Unternehmen sowie Start-ups zu Förderprogrammen von Bund und Ländern – spezialisiert auf Forschungszulage, ZIM und Eurostars, von der Programmwahl über den Antrag bis zur Bewilligung. Die Antragsbegleitung ist erfolgsbasiert.

Seestr. 15c, 78333 Stockach, Baden-Württemberg, Deutschland
Montag, Dienstag, Mittwoch, Donnerstag, Freitag, Samstag09:00 – 18:00
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Steve Kovacs (Förder-Kompass)
DE299573120